사진은 기사의 특정 사실과 관련 없음. 게티이미지뱅크


조세심판원이 제약사를 대상으로 한 특별 세무조사 사건에서 서로 다른 결론을 내리면서 세무당국의 조사권 행사 범위와 납세자 절차적 권리 사이의 경계가 다시 주목받고 있다. 특히 상장 제약사의 특수관계법인 유상증자를 둘러싼 사건에서 과세처분이 취소되면서 특별 세무조사의 요건과 한계에 대한 논의가 확산되는 분위기다.
최근 공개된 조세심판원 결정례에 따르면 심판원은 2025년 12월 23일 특별 세무조사 절차의 적법성이 쟁점이 된 두 건의 사건에 대해 상반된 판단을 내렸다. 한 사건 릴게임예시 에서는 세무조사의 정당성을 인정했지만, 다른 사건에서는 사전통지 없이 진행된 조사 자체를 중대한 절차상 하자로 보고 과세처분을 취소했다.
논란이 된 사건은 2024년 7월 서울지방국세청 조사4국이 제약사들을 대상으로 진행한 특별 세무조사에서 비롯됐다. 특별 세무조사는 구체적 탈루 혐의나 증거 인멸 우려 등이 있는 경우 사전통지 없이 실시할 사아다쿨 수 있는 조사 방식이다. 일반 세무조사가 통상 조사 개시 15일 전에 대상자에게 세목과 조사기간, 조사 사유 등을 통지하는 것과 달리, 특별 세무조사는 예외적으로 통지 절차가 생략될 수 있다.
다만 국세기본법은 세무공무원이 세무조사를 실시할 때 원칙적으로 사전통지를 하도록 규정하고 있으며, 사전통지를 할 경우 증거인멸 등으로 조사 목적을 릴게임바다이야기 달성할 수 없다고 인정되는 경우에 한해 이를 생략할 수 있도록 하고 있다.
심판원은 S제약사가 제기한 심판 청구 사건에서 바로 이 요건 충족 여부를 핵심 쟁점으로 판단했다.
결정문에 따르면 해당 사건에서 청구법인은 상장법인 등인 특수관계법인들이 실시한 유상증자에 참여해 신주를 취득했고, 과세당국은 이를 자회사 주식을 시 릴게임사이트추천 가보다 낮은 가격에 취득한 불균등 유상증자로 판단해 법인세를 부과했다.
그러나 심판원은 세무당국이 사전통지 없이 특별 세무조사에 착수한 점에 주목했다. 심판부는 과세관청이 사전통지 생략 사유인 '증거 인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우'에 해당한다는 점을 적극적으로 입증하지 못했다고 판단했다.
특히 바다이야기게임2 문제의 유상증자는 상장법인 관련 거래로서 관련 사실관계가 공시를 통해 이미 외부에 공개된 사안이라는 점이 중요한 판단 근거로 작용했다. 심판원은 이 같은 거래의 경우 세무조사 사전통지를 한다고 하더라도 관련자들이 증거를 인멸하거나 진술을 담합해 조사 목적을 달성할 수 없는 상황으로 보기 어렵다고 판단했다.
결국 심판원은 사전통지 없이 진행된 세무조사가 국세기본법상 요건을 충족하지 못한 절차적 하자가 있다고 보고, 해당 세무조사에 기초한 법인세 부과처분을 취소했다.
세무업계에서는 이번 결정을 두고 특별 세무조사의 적용 범위를 다시 점검한 사례라는 평가가 나온다.
익명을 요청한 A세무사는 "특별 세무조사는 원래 탈루 증거를 은폐할 가능성이 큰 사건에 대응하기 위해 도입된 예외적 제도"라며 "상장사의 유상증자처럼 공시 자료로 상당 부분 사실관계가 드러나는 거래에서는 사전통지를 생략해야 할 필요성이 상대적으로 낮다고 본 것"이라고 말했다.
이어 그는 "과세당국이 단순히 '진술 담합 가능성' 정도만 언급하는 수준으로는 특별 세무조사의 요건을 충족했다고 보기 어렵다는 점을 이번 결정이 보여준다"며 "향후 비정기 세무조사를 진행할 때 조사 개시 사유를 더 구체적으로 입증해야 하는 부담이 커질 수 있다"고 설명했다.
또 다른 조세 전문 변호사는 "이번 사건은 과세 실체 판단 이전에 세무조사 절차의 위법성이 인정된 사례라는 점에서 의미가 크다"며 "일반적으로 조세심판에서는 과세표준이나 세법 해석이 주요 쟁점이 되지만, 이번 사건은 조사 착수 단계 자체가 문제된 것"이라고 말했다.
그는 "실무적으로 보면 형사 사건에서 공소기각과 유사한 구조라고 볼 수 있다"며 "세무조사의 적법성이 무너지면 이후 과세처분도 유지되기 어려워진다는 점을 확인한 사례"라고 평가했다.
반면 같은 날 판단이 내려진 또 다른 사건에서는 심판원의 결론이 달랐다. 해당 사건은 J제약사가 특별 세무조사 절차의 위법성을 주장하며 제기한 심판 청구였다.
이 사건에서 심판원은 특별 세무조사가 정당하게 이루어졌다고 판단했다. 접대비 대비 광고비 비율이 과도하게 높고, 영업사원이 가짜 영수증을 활용해 의료인에게 현금 리베이트를 전달한 사실이 공정거래위원회 조사 등을 통해 확인된 점 등이 고려된 것으로 알려졌다.
세무당국의 판단은 리베이트 사건의 특성상 증거 인멸 가능성이 존재한다는 데 초점이 맞춰졌던 것으로 전해진다.
한 국세 행정 전문가도 "리베이트 사건은 허위 영수증이나 차명 비용 처리 등 증빙 조작이 함께 이루어지는 경우가 많다"며 "이런 사안에서는 사전통지를 할 경우 관련 자료가 사라질 가능성이 있다고 판단할 수 있다"고 말했다.
그는 "같은 특별 세무조사라도 사건의 성격에 따라 판단이 달라질 수 있다는 점이 이번 심판례에서 확인됐다"며 "자본거래와 리베이트 사건은 증거 구조 자체가 다르다"고 설명했다.
제약업계에서도 이번 결정에 촉각을 곤두세우는 분위기다.
한 제약업계 관계자는 "최근 몇 년 사이 제약사에 대한 세무조사가 리베이트 조사와 함께 진행되는 경우가 늘었다"며 "특히 연구개발비나 판촉비, 학술행사 지원 등 비용 구조가 복잡하다 보니 세무 이슈가 자주 발생한다"고 말했다.
그는 "이번 결정은 특별 세무조사가 무조건 정당화되는 것은 아니라는 점을 보여준 사례로 보인다"며 "기업 입장에서는 조사 과정의 절차적 적법성을 보다 적극적으로 검토할 필요가 있다는 메시지로 받아들이는 분위기"라고 전했다.
또 다른 업계 관계자 역시 "제약업계는 마케팅 비용과 연구개발 투자 비중이 크기 때문에 세무조사 대상이 되기 쉬운 업종"이라며 "이번 심판례는 세무당국의 조사 권한과 기업의 방어권 사이 균형을 다시 생각하게 만드는 사건"이라고 말했다.
세무 전문가들은 이번 결정이 특별 세무조사를 제한하는 판례라기보다는, 해당 제도가 '예외적 조사 방식'이라는 점을 다시 확인한 사례라고 평가한다.
C 회계법인 파트너는 "특별 세무조사는 강력한 조사 권한이지만 납세자 권리 제한도 큰 제도"라며 "법이 정한 요건을 충족하지 못하면 조사 자체가 문제가 될 수 있다는 점을 보여준 결정"이라고 말했다.
이어 그는 "향후 세무당국이 제약·바이오 기업의 지배구조나 자본거래를 조사할 때 사전통지 생략 사유를 얼마나 구체적으로 제시하느냐가 중요한 쟁점이 될 것"이라고 덧붙였다.
결국 이번 심판례는 세무당국의 조사 권한을 제한했다기보다, 특별 세무조사가 법이 정한 '예외적 조사'라는 점을 다시 확인한 사례로 평가된다. 앞으로 제약업계에 대한 세무조사가 이어지는 과정에서도 조사 착수 단계에서 사전통지 생략 사유를 얼마나 구체적으로 입증하느냐가 과세처분의 향방을 가를 중요한 변수로 작용할 것으로 보인다.